Очередные приключения уже полюбившихся героев в фильме «Бегущий в лабиринте: Лекарство от смерти». На этот раз так называемым Глэйдерам предстоит выполнить новое задание от таинственной организации Порок. Но сейчас уже приоткрывается занавеса тайны, и молодые люди впервые встречаются с руководством. Они раньше не виделись, однако загадочные люди не только следили за подростками, но и сделали их пешками в своей игре. Они не останавливаются и придумывают всё новые задания для молодых людей. Сейчас, так как они показали себя сильными участниками, им уготовлена новая участь. Начинается вторая фаза. Но Томас обвиняет организацию в обыкновенном мошенничестве и манипулированию людьми. Ведь после обещанного выхода из ловушки после прохождения предыдущего испытания, их так и не выпустили на свободу.
Но когда искатели приключений попадают за пределы игровой площадки, то оказываются на совсем неприветливой земле. Здесь палит солнце и горячий песок. Возможно, это и есть тот настоящий мир, о котором они мечтали долгое время. Но по дороге они часто встречают людей, страдающих от странной болезни. А это и есть вирус «Вспышки», о которой говорил человек из Порока. Теперь подросткам необходимо найти лекарство от этого заболевания. Эпидемия быстро распространяется, поэтому нужно действовать как можно скорее. Времени остаётся всё меньше с каждой минутой промедления.
Организация сама заинтересована в поиске противоядия от этой страшной болезни. Но найти его смогут только подготовленные бойцы, которые прошли много испытаний. Такими кандидатами вновь становятся Томас и Минхо. Они отправляются в путешествие по опасной пустыне, чтобы раздобыть секрет лекарства от болезни, сметающей всё на своём пути. Приключение начинается, время пошло.